Arcyksiążę Eugeniusz urodził się w 1863 roku jako najmłodszy syn Karola Ferdynanda (1818–1874), syna arcyksięcia Karola Habsburga-Cieszyńskiego. Jego matką była arcyksiężniczka Elżbieta Franciszka Maria (1831–1903), córka Józefa Antoniego Jana Habsburga, palatyna Węgier. Do jego starszych braci należeli austro-węgierski feldmarszałek Friedrich (1856–1936) i admirał Karl Stephan (1860–1933). Zarówno jego ojciec, jak i matka byli wnukami cesarza Leopolda II, który był zatem podwójnym pradziadkiem Eugeniusza.
Jak wszyscy członkowie rodu Habsburgów, on również uczył się zawodu „cywilnego”, w jego przypadku stolarstwa.
W 1898 roku nabył twierdzę Hohenwerfen w Salzburgu i rozbudował ją do swojej książęcej rezydencji. Przechowywał tam również swoją bogatą kolekcję dzieł sztuki i broni. Kiedy twierdza została w dużej mierze zniszczona przez pożar w 1931 roku z powodu zaniedbań, sfinansował jej odbudowę. W 1938 roku został zmuszony do sprzedaży majątku nazistowskim władzom regionalnym.
Arcyksiążę Eugeniusz zastąpił swojego wuja, arcyksięcia Wilhelma, jako ostatni świecki wielki mistrz Zakonu Krzyżackiego po jego śmierci w 1894 roku. Pod jego przywództwem Zakon przekształcił się w zakon czysto religijny, a on sam zrezygnował z urzędu (odtąd wielcy mistrzowie są wyłacznie osobami duchownymi). Jako przywódca Zakonu Krzyżackiego, stał na czele słynnego 4. Pułku Piechoty „Hoch- und Deutschmeister” od 1894 roku.
11 stycznia 1897 roku został mianowany Wielkim Oficerem Zakonu Rycerskiego Grobu Bożego w Jerozolimie w austriackim Namiestnictwie w Igls koło Innsbrucka i ostatecznie otrzymał tytuł Kawalera Wielkiego Krzyża.
Po I wojnie światowej opuścił Austrię w kwietniu 1919 roku i udał się na wygnanie do Bazylei, gdzie przebywał do 1934 roku. Ze Szwajcarii początkowo przeniósł się do zamku krzyżackiego w Gumpoldskirchen (Austria) w 1934 roku. Jednak pod naciskiem narodowych socjalistów został zmuszony do przeniesienia się do Wiednia. Po II wojnie światowej mieszkał w Igls koło Innsbrucka. Zmarł 30 grudnia 1954 roku, po wyzdrowieniu z zapalenia płuc podczas kuracji w Merano.
Zgodnie z jego wolą został pochowany w katedrze św. Jakuba w Innsbrucku.
Podobnie jak dwaj jego starsi bracia, Eugen wybrał karierę wojskową. W wieku 14 lat wstąpił do armii austro-węgierskiej w szeregach Tyrolskich Strzelców Cesarskich. Został porucznikiem 27 października 1877 roku, a porucznikiem 1 maja 1881 roku. W latach 1883–1885 uczęszczał do Terezjańskiej Akademii Wojskowej w Wiener Neustadt i przeszedł szkolenie na oficera sztabu generalnego. Został awansowany na kapitana 1 listopada 1885 r., a na kapitana 23 lutego 1887 r. W latach 1887–1888 służył w 5. Pułku Huzarów, a 26 października 1888 r. otrzymał awans na majora. 27 października 1889 r. został podpułkownikiem i dowódcą 100. Pułku Piechoty. 26 kwietnia 1890 r. awansował na pułkownika, a w następnym roku objął dowództwo nad 15. Pułkiem Huzarów. 28 października 1893 r. został awansowany na generała majora i objął dowództwo nad 9. Brygadą Piechoty w Ołomuńcu. 26 kwietnia 1896 r. osiągnął stopień porucznika feldmarszałka i objął dowództwo nad 25. Dywizją Piechoty. 27 kwietnia 1901 roku został awansowany na generała kawalerii, a w latach 1900–1908 pełnił funkcję dowódcy XIV Korpusu Armijnego w Innsbrucku.
Podczas I wojny światowej, w grudniu 1914 roku, Eugen zastąpił Oskara Potiorka na stanowisku dowódcy wojsk bałkańskich. Wraz ze swoim szefem sztabu, Alfredem Kraußem, zreorganizował 5. Armię, która została poważnie osłabiona w kampanii przeciwko Serbii i została przeniesiona do nowo utworzonego Frontu Isonia po wypowiedzeniu wojny przez Włochy w maju 1915 roku. Jako wielki mistrz zakonu krzyżackiego organizował szpitale polowe i lazarety, w których posługę pełniły krzyżackie siostry zakonne oraz bracia-kapelani. Arcyksiążę Eugen został awansowany na generała pułkownika 22 maja 1915 roku i 27 maja objął dowództwo nad austriackim Frontem Południowo-Zachodnim, walczącym z Włochami. Początkowo dowodził obroną wzdłuż rzeki Isonia, ale w następnym roku przeniósł swoją kwaterę główną do Bolzano. Podczas ofensywy południowotyrolskiej w maju i czerwcu 1916 roku dowodził austro-węgierską 11. Armią pod dowództwem Viktora Dankla oraz 3. Armią pod dowództwem Hermanna Kövessa.
Arcyksiążę Eugeniusz został awansowany na feldmarszałka 23 listopada 1916 roku, wraz z Franzem Conradem von Hötzendorfem. Pomimo sukcesów 14. Armii w dwunastej bitwie nad Isonzo, 18 grudnia 1917 roku został odwołany z dowodzenia austriackim Frontem Południowo-Zachodnim, wbrew woli nowego szefa Sztabu Generalnego, generała pułkownika Arza von Straußenburga, i przeszedł na emeryturę 11 stycznia 1918 roku.
(Źródło: wikipedia.de)